1 – LE DECOR DE LA TRAGEDIE « COVID-19 »

Cette crise concerne au tout premier chef l’écosystème global. Cette notion est généralement floue dans beaucoup d’esprits, surtout pour les niveaux supérieurs aux organismes.
La grille de complexité croissante généralement acceptée est la suivante :
Atome > molécules > cellules > organismes > populations > communauté > écosystèmes > Biosphère.

Ces niveaux ont des définitions précises :
Une population est l’ensemble d’individus d’une même espèce vivant dans un milieu au même moment.
Une communauté est constituée de tous les organismes vivants qui partagent un environnement commun.
Un écosystème est constitué de la communauté vivante et du milieu qu’elle habite (son « biotope »).
La biosphère est le système écologique global, qui inclut tous les êtres vivants, les relations qu’ils tissent entre eux et avec les roches, l’eau, et l’air de l’atmosphère.

Complexité
De nombreuses interactions des écosystèmes sont des rétroactions positives (l’effet amplifie sa cause). Ces interactions peuvent « shunter » les différents niveaux : dans le cas du coronavirus, le virus utilise l’être humain comme « machine à réplication ».

Les écosystèmes, systèmes très complexes, munis d’un certain nombre de caractéristiques :

• La non-linéarité des effets  : doubler l’intensité d’un facteur peut mener à de très grandes variations des variables qu’il contrôle. En conséquence :
• De nouvelles propriétés peuvent apparaître (on parle alors de phénomènes émergents), que ne possédaient pas les éléments constitutifs.
• Les systèmes ne sont stables que dans certaines limites de variation de leurs éléments. Ils peuvent évoluer brutalement vers un autre état de stabilité : on parle alors d’évolution « chaotique » (l’évolution est néanmoins déterministe, car elle obéit toujours aux lois de la physique-chimie).
• Le grand nombre d’éléments, la complexité de leurs interactions, et leur non-linéarité fait que nos techniques actuelles de modélisation ne permettent que des prévisions à court terme (les prévisions météorologiques par exemple). Ceci montre l’intérêt vital de l’étude approfondie des écosystèmes, en vue d’affiner les modèles ; sinon, nous sommes condamnés à ne pouvoir que réagir.
• Nos échelles de temps humaines ne sont pas celles des écosystèmes : intervenir sur un écosystème dont on ne connait pas toutes les propriétés peut avoir des conséquences imprévues et dramatiques : il peut changer rapidement de configuration, et ce changement n’obéit qu’à des lois générales parfaitement indifférentes au sort des espèces présentes.

Ainsi, l’arrivée brutale d’un nouveau virus va enclencher plusieurs phénomènes : la réplication par ses hôtes de millions de virus-fils qui contamineront d’autres individus, amorçant ainsi une réaction exponentielle une sélection parmi les hôtes du virus le développement d’une immunité collective parmi les hôtes. Mais ces phénomènes évoluent à des vitesses très différentes : dans le cas du coronavirus, le cycle viral est de quelques heures, une personne devient contagieuse quelques jours après son infection, la mort de l’hôte peut n’intervenir qu’au bout de 3 à 4 semaines ; l’immunité collective nécessitera des décennies.

La somme de ces phénomènes mènera à l’établissement d’un nouvel équilibre dans les répartitions des hôtes et des virus. Dans l’établissement de cet équilibre, toutes les ressources de l’espèce sont mobilisées. Pour l’espèce humaine, on peut y inclure les caractéristiques physiologiques, les ressources scientifiques (connaissance du virus…), les ressources techniques, économiques (différentes balances coûts-bénéfices, mise en place des mesures de protection…) politiques (prise en compte du risque par les responsables, jugement des citoyens…), et même morales (circulaire dite « de la honte » de l’ARS Ile-de-France en date du 19 mars 2020 [1]

Deux exemples
Au XVIe siècle, l’arrivée des européens dans le « nouveau monde », a apporté de nombreuses maladies (variole, rougeole, grippe…) auxquelles les systèmes immunitaires des populations indigènes n’étaient pas sensibilisés. « Cela fait de cette hécatombe le pire évènement de mortalité humaine comparé à la population mondiale, et le second, en termes absolus, après la Seconde guerre mondiale- 3% de la population mondiale de l’époque » sont disparues [2].
De plus, la très grande surface de terres cultivées retournées à l’été sauvage faute de cultivateurs, (de l’ordre de la surface de la France) aurait ensuite absorbé une grande quantité de gaz carbonique qui, disparue de l’atmosphère, aurait pu contribuer (avec d’autres causes plus « naturelles ») à l’apparition d’un « petit âge glaciaire » [3].

Un autres exemple contemporains montre également les dangers d’interventions intempestives dans un écosystème dont on ne connait pas toutes les caractéristiques : ainsi en 1952 l’introduction volontaire de la myxomatose sur le domaine (clos) du docteur Armand-Delille qui, bien que membre de l’Académie de médecine et vice-président de la Société de biologie, avait oublié que les moustiques étaient aussi vecteurs du virus.... : L’épidémie avait gagné toute l’Europe dès 1959, et trente ans après, la virulence de l’agent infectieux ayant régressé et l’immunisation collective des lapins ayant grandi, la maladie régressa fortement, sans disparaître complètement [4].

D’autres caractéristiques des écosystèmes peuvent mettre en danger certaines espèces : c’est le cas du phénomène d’accumulation dans les chaînes alimentaires.
Ainsi, à partir de doses insignifiantes, à la limite du seuil de détection, on peut aboutir après quelques étapes à des concentrations importantes et dangereuses.
C’est le cas des polychlorobiphényles, qui se dégradent très peu. Leur facteur d’accumulation le long des chaînes alimentaires est impressionnant : à partir d’une dose de 2 ng / kg dans l’eau de mer, on finit par le retrouver dans le lait maternel humain [5] ; des perturbations endocriniennes peuvent survenir en cas d’exposition in utero, ou de l’enfant ou du jeune adolescent : Il nous faudra soutenir le regard de nos enfants…

2 – LES ACTEURS : DES VIRUS ET DES HOMMES

1.1 Les êtres humains

L’être humain, en tant qu’être vivant, qu’il le veuille ou non, fait partie de la biosphère dont il est issu, et il est inscrit dans son réseau d’interactions : d’ailleurs les virus sont incorporés à notre organisme de la manière la plus intime qui soit : environ 8 % de notre ADN est constitué de séquences transmises par des virus.

2.2 Le virus SARS-CoV-2

Quelle est son origine ?

Le coronavirus humain SARS-CoV-2 présente des similitudes importantes avec deux coronavirus animaux : le virus « Bat SARSr-CoV RaTG13 » décrit chez une espèce de chauve-souris, et le virus « Pangolin-CoV » identifié chez une espèce de pangolin. Les chauves-souris et les pangolins partagent certaines niches écologiques.
Le coronavirus possède à sa surface, sur la couronne d’« épines » à laquelle il doit son nom, une protéine « S » correspondant à la protéine « ACE2 » présente à la surface de nombreuses cellules humaines (métaphoriquement : la protéine S virale est la clef de la serrure ACE2 humaine).

Néanmoins, jusqu’ici, ce n’était qu’une affaire purement « animale ». Il n’y avait aucune raison a priori pour que ce virus passe à l’homme et déclenche la pandémie : c’est lors de ce passage que le drame se noue.

3 - LE DRAME

Épicure avait déjà écrit : « Si les dieux voulaient exaucer les vœux des mortels, il y a longtemps que la terre serait déserte, car les hommes demandent beaucoup de choses nuisibles au genre humain [6] . »
Mais : «  Dieu dit : Faisons l’homme à notre image, selon notre ressemblance, et qu’il domine sur les poissons de la mer, sur les oiseaux du ciel, sur le bétail, sur toute la terre, et sur tous les reptiles qui rampent sur la terre ». (Genèse 1-26).
Descartes renchérit en déclarant que l’homme devait se « rendre comme maître et possesseur de la nature » (Discours de la méthode, Sixième partie).
L’intuition d’Épicure nous paraît rétrospectivement assez juste. Quant à Dieu et Descartes, leurs connaissances en écologie semblent assez limitées : Le virus, qui n’aurait pas dû franchir la barrière inter-espèce, l’a pourtant fait.

Où ? Le lieu généralement retenu est la Chine du Sud, province du Hubei, peut-être la ville de Wuhan, mais ce n’est pas certain.

Quand ? La date n’est pas absolument déterminée, et ne le sera peut-être jamais. Car il ne semblait pas y avoir de chauves-souris en vente sur le marché de Wuhan (ces animaux ne sont pas consommés dans la région) ; en revanche, des pangolins y étaient disponibles.
En juillet 2020, une équipe internationale a déterminé que la lignée de virus ancestral du SARS-CoV-2 circule chez la chauve-souris depuis une cinquantaine d’années. On conçoit facilement que déterminer l’origine du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 est important pour éviter de futures crises sanitaires [7].

Facteur humain – 1 :
Le pangolin est l’un des animaux les plus braconnés pour sa chair et l’utilisation de diverses parties de son corps en médecine traditionnelle chinoise.
De nombreux virus de la lignée SARS-CoV-2 identifiés chez des pangolins destinés à la vente prouvent que ces virus circulaient depuis plusieurs années déjà dans les marchés des provinces du sud de la Chine, comme celle du Hubei, et très probablement aussi dans les provinces du Nord [8].
Le trafic de pangolin intéresse également la France : le 2 juillet 2014, près de 250 kilos d’écailles de ce mammifère ont été interceptés par les douaniers à Roissy [9] .

Facteur humain – 2 – aggravant : les réticences initiales du gouvernement chinois à communiquer sur ce sujet. Huit médecins, parmi les premiers lanceurs d’alerte seront convoqués par la police pour diffusion de rumeurs, puis interdits de communication [10].

Puis les choses s’accélèrent considérablement :
Le SARS-CoV-2 se transmet très bien par les aérosols de secrétions émises par le porteur, ce qui lui assure une bonne dispersion. De plus, beaucoup de patients sont asymptomatiques, et les autres sont contagieux quelques jours avant l’apparition des symptômes.
En France, Le 31 janvier, le rapatriement de 193 ressortissants français de Wuhan, tous asymptomatiques, signe l’apparition de la maladie sur le territoire (bien que le 3 mai 2020, le Pr Yves Cohen de Bobigny signale avoir découvert a posteriori un cas positif à la Covid-19 le 27 décembre 2019, chez un malade soigné à l’époque pour une pneumonie, et qui n’avait pas voyagé). La question reste donc ouverte.
Un rassemblement évangélique en février, à Mulhouse propage la maladie dans tout le pays. .
À partir du 17 mars, la population est confinée à domicile jusqu’au 11 mai. A la date de rédaction de ce texte (mi-septembre 2020), nous restons dans l’expectative car l’épidémie semble reprendre.
Dès à présent, il est certain que cette épidémie sera plus meurtrière que les épidémies de grippe saisonnière du XXIe siècle en France. Il faut remonter à 1957-1958 et à 1968-1969 pour trouver des épidémies de grippe saisonnière ayant fait plus de victimes en France que la Covid-19.

Facteur humain – 3 aggravant.
La diffusion du virus a été assurée par la complexité et la rapidité des transports à l’échelle de la planète. À peu de choses près, le scénario français s’est répété à l’identique dans tous les pays. Alors : « Le monde entier est frappé par cette crise sanitaire qui déclenche avec elle une crise économique vertigineuse. L’économie mondiale doit faire face à ce choc brutal et sans précédent [11]. »

Nous sommes ici en présence d’un cas emblématique de l’effet « papillon », caractéristique des systèmes complexes  : l’interaction de quelques molécules dans le génome d’un virus, au fond d’une grotte de la Chine du sud, a porté un coup d’une brutalité inouïe à l’économie mondiale, coup dont nous n’avons pas encore pris la mesure de toutes les conséquences.

4 - NOUS NE SOMMES PAS A L’ABRI D’AUTRES AVENTURES DE CE TYPE.

4.1 Les virus font naturellement partie des écosystèmes
Durant ces dernières décennies, les virus ont été responsables de plusieurs épidémies : le SARS-CoV-1, le virus Hendra, le virus Nipah… et il se pourrait que MERS et Ebola serait également reliés aux chauves-souris [12].
En général, les réservoirs animaux et les humains n’entrent pas en contact. Si une mutation mène à un virus potentiellement dangereux pour l’homme, il n’a que très peu de chances d’être transmis. En conséquence, tous les facteurs qui facilitent les contacts entre les hommes et les animaux augmentent les chances du franchissement de la barrière.

4.2 Parmi ces facteurs on peut citer :
Certains phénomènes climatiques, et au premier chef, le réchauffement de l’atmosphère, quelle qu’en soit les causes ; car il entraîne :
* des modifications de la répartition des agents pathogènes et surtout de leurs vecteurs. Ainsi, la tique à pattes rayées progresse en ce moment dans les zones méditerranéennes. Si aucun cas n’a été recensé pour l’heure dans l’Hexagone, en Turquie les autorités ont rapporté en 2020 une augmentation de cette pathologie : 480 cas, dont 15 décès. Le virus circule également en Espagne et en Tunisie Rosier, [13].- [14].

* Des cyclones et les invasions d’insectes ravageurs
Depuis 1970 environ, l’activité cyclonique intense augmente dans l’Atlantique Nord, en bonne corrélation avec l’augmentation de la température de surface de l’océan [15].
En mars 2020, à la suite d’une longue période aux conditions météorologiques humides, et à des cyclones qui se sont abattus sur l’Afrique de l’Est et la péninsule arabique depuis septembre 2018, l’Afrique de l’est a connu une énorme invasion de criquets pèlerins. Ces insectes ravageurs provoquent des famines qui contraignent les populations à avoir recours à la chasse, donc d’entrer en contact avec des animaux auparavant éloignés d’elles. Les conditions sanitaires déplorables ne prédisposent pas à une gestion efficace de ces maladies. Certains experts affirment que cette situation serait annonciatrice d’autres événements du genre, car l’augmentation des températures océaniques de surface alimente de plus en plus les tempêtes [16].

* L’éventuelle libération de virus du pergélisol
Le pergélisol, gelé en permanence, constitue environ 20 % de la surface terrestre. Le réchauffement de l’atmosphère a enclenché sa fonte, ce qui pourrait représenter deux dangers : la libération massive de gaz à effet de serre, mais aussi la libération éventuelle de virus anciens contre lesquels nous n’avons plus de défenses.
Des chercheurs de l’Université Aix-Marseille ont découvert plusieurs virus encore actifs, auparavant inconnus, et écrivent : « le fait que [différents] virus aient survécu à un sommeil de 30 000 ans laisse à penser que d’autres virus inconnus figés dans le pergélisol peuvent en faire autant. Et l’on ne peut présager de leur nocivité envers les populations humaines ou animales.

4.3 La perte de biodiversité de certains écosystème
* Par destruction de milieux naturels (Brésil, Indonésie)
En décembre 2018, Jair Bolsonaro annonce vouloir exploiter les ressources de la réserve de Raposa Serra do Sol, sur laquelle vivent 17 000 indigènes [17], pour la culture intensive (par exemple : soja le plus souvent OGM) pour un élevage lui-même intensif destiné à satisfaire une demande croissante en protéines. Cette pratique entraîne :

• le fait pour certaines populations de devoir se replier en forêt, et avoir recours à la chasse ;
• ces personnes travaillent ensuite dans les fermes, ou vont se concentrer périodiquement dans les banlieues défavorisés des villes, dans des conditions sanitaires défavorables ;
• de plus, la réduction des parties boisées impose aux chauves-souris de se regrouper sur les arbres restants, facilitant les échanges de virus, donc des recombinaisons génétiques.

* Les monocultures en elles-mêmes, de par la place qu’elles prennent, réduisent la biodiversité. Or, un écosystème muni d’une grande biodiversité possède une bonne résilience (il oppose une résistance à la dissémination des agents pathogènes), en réduisant leurs chances de trouver rapidement un hôte adéquat. Remplacer une forêt primaire (en place depuis des milliers d’années) par un champ de maïs génétiquement homogène est une hérésie écologique.

* Le même raisonnement s’applique à l’élevage intensif
Ces élevages sont généralement composés d’individus génétiquement très proches, sensibles aux mêmes agents infectieux qui y trouvent un milieu extrêmement favorable à une dispersion rapide.
Ainsi, la « peste porcine africaine » a déclenché. «  la plus grande épidémie animale jamais vue sur la planète  ».
En 2014, l’épidémie a gagné l’Europe, conduisant l’Allemagne à fermer sa frontière avec la Pologne, et la France à instaurer une « zone blanche de dépeuplement » de 141 km² long de la frontière belge.
Malgré sa virulence, le virus n’est pas transmissible à l’Homme, car il a besoin de récepteurs spéciaux qui ne sont présents que chez le porc (mais il en allait de même avec l’ancêtre du SARS-CoV-2, avant qu’il n’acquière malencontreusement la faculté de se lier aux récepteurs ACE2 humains [18]…)

En 1986, Albert Jacquard reprenait la notion de « vaisseau terrestre » de Richard Buckminster Fuller à la fin des années 1960 : « Nous voyageons ensemble, passagers d’un petit vaisseau spatial, tributaires de ses réserves d’air et de sol, notre sûreté dépendant de la sécurité et de la paix terrestres, préservés de l’anéantissement uniquement par les soins, le travail et l’amour que nous prodiguons à notre frêle esquif et, dois-je le dire, les uns aux autres [19] »

Ainsi, remarque un contributeur : « si l’Homme moderne commence à se préoccuper des autres êtres vivants de la biosphère, c’est qu’il a pris conscience qu’il ne pourra continuer à se développer, voir à vivre tout simplement, que si la biosphère ne se dégrade pas trop ».

5 - ÉPILOGUE DU DRAME : UNE CATHARSIS ?

Dans les tragédies antiques, la catharsis devait se produire chez les spectateurs, à la suite de leur identification avec les acteurs. Dans la « tragédie » Covid-19, nous sommes nous-mêmes acteurs, réellement touchés dans notre chair. L’effet cathartique devrait donc en être décuplé …
· Nous avons donc :

• d’un côté le devoir messianique d’une humanité faite à l’image du dieu créateur et propriétaire d’une nature aux ressources considérées comme inépuisables et ayant pour mission de l’exploiter et de l’ordonner ;
• d’un autre côté une nature peuplée d’humains et de non-humains, suivant l’expression de Philippe Descola, vision anthropologique où les vivants et les morts, les végétaux et les animaux, dont les hommes, sont en interaction constante matérielle et symbolique.
  Nous ne sommes donc pas « Hommes dans un environnement naturel », nous sommes « un élément de la biosphère où tout est interactions ».

· Est-il possible de promouvoir un « humanisme écologique » ?
Simon Barbarit relevait le 13 mars 2020, sur Public Sénat, quelques éléments du discours du président de la république : « Il est des biens et services qui doivent être placés en dehors des lois du marché ».
Dont acte : Il faudrait espérer que le « monde d’après » se caractérise par une plus grande prise de conscience que nous ne sommes qu’un élément de l’écosystème global de la biosphère. Le technicisme est-il une solution ?
Les mots « apprenti-sorcier » reviennent souvent.

Le mouvement « One Health ». Apparu au début des années 2000, il promeut une vision holistique de la santé (une santé humaine + une santé animale + une santé de l’écosystème). La France a officiellement validé cette approche [20] et l’agence française Anses a annoncé le 24 octobre 2017 qu’elle allait à partir de janvier 2018 coordonner One Health. Les partisans de cette approche estiment que si le projet débouche sur des actions concrètes, des milliers de vies seront épargnées dans les générations futures.

En conclusion, relisons les vers de Ronsard, dans son poème « Contre les bucherons de la forest de Gastine  »
(en français modernisé)
« Écoute, bûcheron, arrête un peu le bras ;
Ce ne sont pas des bois que tu jettes à bas ;
Ne vois-tu pas le sang lequel dégoutte à force
Des nymphes qui vivaient dessous la dure écorce ?  »

Car «  Là où croît le péril croît aussi ce qui le sauve » nous rappelle le poète Hölderlin. Quant à Albert Camus, il nous rappelait qu’«  un homme ça s’empêche ».

« Nous n’héritons pas de la terre de nos ancêtres, nous l’empruntons à nos enfants. » Nos enfants, qui seraient aujourd’hui en droit de nous dire « prière de laisser cet endroit aussi propre que vous l’avez trouvé en arrivant  » …